Dalam rangka mewujudkan transparansi laporan keuangan dan Good Coorporate Governance (GCG), Politeknik Penerbangan Medan sebagai Unit Pelaksana Teknis (UPT) di bawah Kementerian Perhubungan Republik Indonesia senantiasa mewujudkan laporan keuangan yang transparan dan andal. BLU Politeknik Penerbangan Medan juga merupakan satuan kerja yang di audit oleh 3 (tiga) lembaga, yaitu Badan Pemeriksa Keuangan (BPK) Republik Indonesia, Inspektorat Jenderal Kementerian Perhubungan, dan Kantor Akuntan Publik (KAP). Pada tanggal 16 Februari 2021 telah dilakukan entry meeting antara Politeknik Penerbangan Medan dengan Kantor Akuntan Publik Drs. Katio dan Rekan dalam rangka melakukan perikatan audit selama 1 bulan ke depan.
Setelah entry meeting dilakukan, para auditor KAP Drs. Katio dan Rekan serta SPI segera melakukan teknis audit ke unit-unit yang ada di Politeknik Penerbangan Medan. Adapun Teknis yang dilakukan antara lain adalah cash opname, stock opname dan pemeriksaan dokumen pencairan. Selama kurang lebih 3 minggu para auditor KAP Drs. Katio dan Rekan serta SPI melakukan audit ke unit-unit kerja sebelum akhirnya membuat laporan hasil audit. Dengan pedoman dan standar keuangan yang ada di Politeknik Penerbangan Medan, SPI Poltekbang Medan yakin Tahun 2020 kembali mendapat Opini Wajar Tanpa Pengecualian (WTP) untuk Laporan Keuangan Tahun Anggaran 2020